José da Cruz Policarpo è nato ad Alvorninha (Portogallo) il 26 febbraio 1936.
È stato ordinato sacerdote nel 1961 ed è vescovo nel 1978. Nominato dapprima vescovo ausiliare a Lisbona, nel 1997 è stato nominato arcivescovo coadiutore del patriarca di Lisbona, con diritto di successione, e il 24 marzo 1998 è divenuto sedicesimo patriarca di Lisbona. Dal 2011 è presidente della Conferenza episcopale portoghese, incarico che aveva già rivestito tra il 1999 e il 2005. Dal beato Giovanni Paolo II è stato creato e pubblicato cardinale nel Concistoro del 21 febbraio 2001.