Nacque a S. Colombano al Lambro (MI) il 25 ottobre 1902 dal Enrico e Clementina Pasta. Alla morte del padre, la famiglia si trasferì prima a Milano e poi a Besana di Brianza. Carlo entra in seminario e viene ordinato sacerdote il 6 giugno 1925; le sue prime esperienze d’apostolato sono nelle parrocchie di Cernusco sul Naviglio e in quella di S. Pietro in Sala a Milano. Nel contempo diviene cappellano all’Istituto Gonzaga, e successivamente ne fu anche direttore spirituale, dedicandosi con passione e intelligenza alle problematiche educative dei giovani affinando la sua passione e la sua sensibilità come educatore.
Il 10 giugno 1940, l’Italia entrò in guerra e don Carlo Gnocchi si arruola volontariamente, per stare con i suoi ragazzi, come cappellano militare del Battaglione degli Alpini ‘Val Tagliamento’, e partecipa alla campagna di Grecia e poi alla campagna di Russia, come cappellano degli Alpini della Divisione Tridentina; la disastrosa ritirata del gennaio 1943, che vide la morte di numerosi soldati, lo colpì profondamente, provocandogli una forte crisi spirituale sulla bontà di Dio, crisi che superò con la sua immensa fede e intuiendo il significato e il valore della sofferenza degli innocenti. Maturò il lui il desiderio di provvedere all’assistenza degli orfani dei suoi alpini, dei mutilatini di guerra, vittime dei bombardamenti e degli ordigni bellici scoppiati fra le loro mani e degli handicappati di ogni genere.
Decorato con medaglia d’argento al valor militare, negli anni 1944-45 partecipò alla Resistenza subendo anche il carcere per alcuni giorni e liberato per l’intervento del cardinale Schuster. Nel 1947 fonda l’Istituzione ‘Pro infantia mutilata’, rinominata nel 1953 ‘Fondazione Pro Juventute’. Si fece propagandista itinerante in Italia e all’Estero per le sue istituzioni, che ormai si erano ramificate, aumentando con ritmo veloce, in Lombardia e in altre regioni italiane. Come atto supremo dell’amore che portava verso i suoi mutilatini e disabili, volle che alla sua morte, avvenuta il 28 febbraio 1956, le sue cornee venissero espiantate per donarle a due ragazzi ciechi. Fu scrittore fecondo di spiritualità, educazione, pedagogia.
La sua salma, il 3 aprile 1960 fu traslata dal Cimitero Monumentale alla Cappella del Centro ‘Don Gnocchi’ di Milano. Il 25 ottobre 2009 è stato beatificato nel Duomo di Milano.