Nato nel 1506 nella nobile famiglia basca dei Xavier nella Navarra, Francesco nel 1525 si trasferì a Parigi per proseguire i suoi studi, divenendo magister artium. A Parigi si trovò accanto a Ignazio di Loyola, compagno di studi e di alloggio. A lungo resistette alla grande attrattiva che Ignazio e la sua scelta esercitavano su di lui, finché nel 1534, nel giorno dell’Assunta, si trovò anch’egli con i primi gesuiti a Montmartre a consacrarsi a Dio per sempre.
Partito per la Palestina, dovette fermarsi a Venezia, essendo la Terra Santa inaccessibile a causa dei turchi musulmani, e qui, ordinato a 31 anni sacerdote, si dedicò con Ignazio alla stesura delle costituzioni della Compagnia di Gesù. Raggiunse poi con i suoi compagni Roma, dove si misero a disposizione del papa per essere inviati in missione. Francesco, con la nomina papale di nunzio apostolico, partì per l’Estremo Oriente. Nel 1542 sbarcò prima in Mozambico e poi raggiunse Goa, capitale delle Indie, dove iniziò la sua missione di evangelizzazione. Portò quindi l’Evangelo nello Sri Lanka, a Malacca, dove incontrò i primi giapponesi, e nelle Molucche. Animato da ardente zelo missionario, raggiunse nel 1548 il sud del Giappone, dove si fermò due anni fondando le prime tre fiorenti comunità cristiane.
Pensando che non avrebbe potuto proseguire la sua opera missionaria senza visitare la culla della cultura giapponese, progettò di raggiungere la Cina; ma lungo il viaggio fu colpito da forti febbri e fu condotto sull’isola di Sangchuan, dove morì la notte tra il 2 e il 3 dicembre del 1552. Aveva portato il vangelo a un numero grandissimo di pagani, percorrendo distanze smisurate, tra mille difficoltà di cultura e di lingua: la sua opera aprì nuove vie alle missioni gesuite. Nel 1927 fu proclamato patrono delle missioni, insieme a santa Teresa di Lisieux.