Nato a Limone sul Garda (Brescia) il 15 marzo 1831, fu educato e ordinato sacerdote nell’Istituto Mazza in Verona, dove, alla fiammata missionaria accesa dal Mazza, fiorì e si alimentò la sua vocazione africana. Non aveva che 18 anni quando volle impegnarsi con giuramento sacro ai piedi del Mazza a consacrarsi per tutta la vita alla missione nell’Africa Centrale.
Nel 1857 partecipò alla seconda spedizione mazziana che non evitò la catastrofe della prima. Comboni rimpatriò due anni dopo, a stento sopravvissuto all’assalto delle febbri tropicali; ma il suo cuore restò conquistato per sempre alla Nigrizia. Così, mentre le tragiche vicende della missione (morirono in quegli anni 46 missionari sotto i cinquant’anni) determinarono la sua sospensione, Comboni si impegnò, fino al 1864, nel piano Mazza che raccoglieva dall’Africa ed educava in Italia giovani che poi sarebbero tornati ad evangelizzare la loro terra. Ma il problema rimaneva insoluto; perché se in Africa l’europeo moriva, non risultava certo idoneo al ministero apostolico l’africano che era stato sradicato dal suo contesto ed educato in un’altra cultura.
Come impiantare dunque la Chiesa locale? La risposta venne come un’ispirazione dall’Alto mentre il Comboni pregava sulla tomba di san Pietro. Da questa illuminazione nacque quel Piano per la rigenerazione dell’Africa mediante se stessa che costituì la norma d’azione e il segno profetico della sua consacrazione missionaria. In esso la rinascita della missione centro-africana venne prospettata con una programmazione graduale che toccava tutta l’Africa, valorizzando al massimo l’elemento indigeno.
Così presentata al Concilio Vaticano I, la missione fu affidata al Comboni prima come provicario e poi nel 1877 come vicario apostolico con dignità episcopale. A servizio della missione aveva fondato l’Istituto Missionario per la Nigrizia a cui affiancò nel 1872 quello delle Pie Madri della Nigrizia. Nella convinzione che l’opera dell’evangelizzazione sia compito primario di tutta la Chiesa, Comboni viaggiò infaticabile attraverso l’Europa con puntate anche in Polonia e Russia per suscitare e animare l’impegno missionario, pur riponendo, da uomo di Dio qual era, nella preghiera il primo fondamentale valore e la forza e la speranza del suo apostolato.
Morì a Khartum (Sudan) il 10 ottobre 1881, con il nome della Nigrizia sulle labbra. Proclamato santo da Giovanni Paolo II il 5 ottobre 2003.