La chiesa fu fondata fuori dalle mura nel 1254 da Frate Lanfranco Settala, priore generale dell'ordine degli Eremiti di S.Agostino.
Un decisivo mutamento avvenne nella chiesa nel seicento quando si procedette alla trasformazione in forme barocche che mimetizzò le antiche strutture architettoniche.
La facciata dopo aver subìto diverse trasformazioni (il mosaico della lunetta, Madonna fra i santi, è di Angelo Inganni ,1840) conserva dell'antica il portale ogivale, tre statuette di santi attribuite al cosiddetto Maestro di Viboldone. 
All'interno, la chiesa colpisce per le sue dimensioni (96 metri di lunghezza) che la fanno sembrare interminabile; è a croce latina con tre navate divise da pilastri e presenta fisionomia barocca; il transetto di destra, è un sacrario del Medioevo milanese.
Nella navata destra dette delle cappelle, troviamo la prima cappella della famiglia Foppa (tardo 400), decorata dal Lomazzo con "Storie dei santi Pietro e Paolo"; la seconda dedicata alla Madonna della Cintura; la terza dedicata a S.Marco con all'altare pala del santo del Legnanino; la quarta dedicata a S. Giuseppe di architettura cinquecentesca con alle pareti le tele di Antonio Busca e Agostino Santagostino; la quinta, della famiglia Cusani, dedicata al Crocefisso, presenta affreschi di Antonio Campi, la sesta cappella, presenta sulla parete in alto Il presepe con S.Gerolamo , grande tela del Legnanino.
Questa bellissima chiesa merita uno sguardo assai più dettagliato anche dal punto di vista storico. Emozionante è infatti il sapere che vi abitò (nell'annessa canonica) per tre mesi Mozart quand'era fanciullo prodigio. Sempre nel '700 Sammartini, l'inventore della sinfonia, e infine l'indimenticabile avvenimento: il 22 maggio 1874 Verdi stesso vi diresse, il suo sublime Requiem in memoria di Manzoni. - Comune di Milano

oto gentilmente concesse da Umberto Pini e Stefano Gusmeroli